Stiftung und Institut für Suchtforschung wurden 1993 gegründet, angesichts der drängenden Drogenprobleme und des politischen Willens, diese Probleme auf der Basis der 1991 vom Bundesrat formulierten 4-Säulen-Drogenpolitik anzugehen und deren Umsetzung zu begleiten und auszuwerten. Die Gründung erfolgte durch einen kleinen Kreis engagierter Fachleute. Das Institut bot sich als gemeinnütziges (nicht gewinnorientiertes), multidisziplinär ausgerichtetes, über entsprechende Erfahrung verfügendes und unabhängiges Instrument für Evaluationsforschung an. In den ersten Jahren bestand das Team aus ehemaligen Mitarbeitern der Suchtforschungsstelle der Stadt Zürich und der Forschungsabteilung des Sozialpsychiatrischen Dienstes der Psychiatrischen Universitätsklinik.

Der anfängliche Schwerpunkt auf der Evaluation von Interventionen im Bereich illegaler Drogen wurde entsprechend der Veränderungen in der Sucht- und Suchtmittelproblematik abgelöst durch ein breites Spektrum von Forschungs- und Dienstleistungsbereichen, das sowohl legale Suchtmittel, nicht substanzgebundenes Suchtverhalten, Gesundheitsplanung und -ökonomie, Beratungen und Begutachtungen sowie Wissenstransfer durch Weiterbildung umfasst. Im Zuge dieser Entwicklung wurde der Stiftungszweck erweitert und die jetzige Bezeichnung Institut für Sucht- und Gesundheitsforschung eingeführt. Gleichzeitig wurde die wissenschaftliche und gesundheitspolitische Vernetzung des Instituts von der nationalen auf eine internationale Ebene ausgedehnt.